W okresie okupacji niemieckiej działała w konspiracji Kuria Polowa
Armii Krajowej z dziekanatami wszystkich Okręgów Państwa Podziemnego.
W czasie Powstania księża kapelani Obwodów-dzielnic,
rejonów i oddziałów powstańczych pełnili posługę duszpasterską wśród powstańców i ludności cywilnej. Pomagali przy
ratowaniu rannych i chorych a także przy odgruzowywaniu zasypanych. Ich opanowanie i słowa pocieszenia przynosiły
ulgę w cierpieniach i przeżyciu otaczającej grozy. Kilkudziesięciu kapelanów zostało odznaczonych za wyjątkową odwagę
Krzyżami Walecznych i Krzyżami Zasługi z Mieczami. Wielu z nich poniosło śmierć męczeńską inni odnieśli ciężkie rany.
Dziekan Okręgu AK Warszawa ks. płk Stefan Kowalczyk "Biblia".